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基于线粒体16S rDNA基因序列沼虾属的系统发育研究
张小敏, 林勇, 宾石玉, 余艳玲, 曾兰, 钟丹丹, 张永德
广西师范大学学报(自然科学版). 2017 (3):
133-140.
DOI: 10.16088/j.issn.1001-6600.2017.03.017
为了解沼虾属Macrobrachium各种间的系统发育关系,本文通过PCR方法扩增罗氏沼虾M. rosenbergii线粒体16S rDNA基因片段,并测序。通过比对发现,511个位点中,可变位点178个,简约信息位点162个。在优化的模型中,碱基频率为ηA=0.306 3,ηC=0.065 7,ηG=0.204 6,ηT=0.423 3;替代矩阵为[A-C]=0.042 7,[A-G]=0.248 59,[A-T]=0.028 4,[C-G]=0.032 9,[C-T]=0.629 0,[G-T]=0.018 4;不变位点的比例为0.428 7,变异位点的Gamma参数为0.429 8。在所有物种中,发现转换值高于颠换值,16S基因的转换和颠换未达到饱和。利用贝叶斯法构建了Bayes树,长臂虾属Palaemon与其他沼虾属构成了显著的并系类群。所有的物种聚成3个大的分支,其中马来亚沼虾M. malayanum构成一个大分支,真沼虾M. carcinus、美洲沼虾M. americanum和非洲沼虾M. vollenhovenii构成另一个大的分支,其余32个沼虾品种构成第三大分支。而罗氏沼虾与大和沼虾M. japonicum、南方沼虾M. meridionalis、细额沼虾M. gracilirostre、嘉罗沼虾M. jaroense、霍氏沼虾M. horstii、热带沼虾M. placidulum、拟鳞指沼虾M. lepidactyloides、贪食沼虾M. lar、宽掌沼虾M. latimanus、俄亥俄沼虾M. ohione形成一个群集。
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